Mikro TESE, tese işlemi sırasında operasyon mikroskobu kullanılarak sperm üreten kanalların (tubullerin) incelenmesi ve bu bölgelerden toplanan küçük parçalardan sperm elde edilmesidir. İlk olarak 1999 yılında Cornell Üniversitesi'nde Dr. Schlegel tarafından tarif edilen bu operasyonda testis orta bölümden kanlanmasına dikkat edilerek enine geniş bir kesi ile açılmakta ve 20-25 büyütmede kanalcıklar incelenerek içerisinde sperm bulunan tubuller toplanmaktadır. Bu operasyonda kullanılan mikroskop ancak dokunun yapısının görünmesinde yarar sağlamaktadır. Daha geniş çaplı, opak, beyaz renkteki tubullerin toplanması ve bu parçaların laboratuvarda ayrıştırılması ile daha yüksek oranda sperm elde edilmesi başarılmıştır. Operasyon genellikle genel anestezi altında yapılmaktadır. Operasyon işleminden sonra hasta 3-4 saat gözlenir ve istirahat için evine gönderilir. Kanama ve enfeksiyon gibi erken komplikasyonlar görülebilir. Tekrarlayan Mikro-TESE operasyonlarından sonra testisten çok az doku çıkarıldığından erkeklik hormonu eksikliği görülme riski düşüktür. Üretim bozukluğuna bağlı azospermik erkeklerin yaklaşık yarısında bu yolla sperm bulunmaktadır. Operasyonda sperm bulma olasılıkları hastaların klinik özelliklerine göre değişkenlik gösterebilir. Bu nedenle üretim bozukluğuna bağlı azospermisi olan bir erkeğin değerlendirilmesi, olası mikro TESE operasyonunda başarı ihtimali hakkında bilgi edinmesi için konunun uzmanı Ürolog tarafından görülmesi çok önemlidir.