Sperm yapısındaki (morfoloji) bazı bozukluklar dölleme kabiliyetleri ve doğal yoldan gebelik oluşturmak açısından önemli bilgiler verir. Sperm morfolojisi sıfır olup normal yolla gebe kalamamış olan çiftlerde artık mikroenjeksiyon yoluyla gebelik ve canlı doğum sağlanmaktadır. Günümüzde mikroenjeksiyon ile gebelik sağlanablen erkeğe bağlı sorunlardan biri de spermin yapısal bozukluk taşımasıdır. Dolayısıyla morfolojinin bozuk olması ICSI açısından çok da önem taşımaz. Ancak bazı önemli yapı bozukluklarının oransal olarak ileri derecelerde olması, bu erkeklerin mikroenjeksiyon yöntemi ile bile çocuk sahibi olma şanslarının düşük olabileceğini gösterir. Örnek vermek gerekirse spermin baş yapısında küre şeklinde veya anormal büyük olarak gözlenmesi kısa kuyruk yapı bozukluğu gibi durumlarda spermlerin gebelik geliştirme oranları oldukça düşüktür.
